При рассмотрении в суде дел, «подготовленных» сотрудниками наркоконтроля, имели место нарушения презумпции невиновности, а также уровень взаимоотношений сотрудников наркоконтроля с судом и прокуратурой. По большей части незаконно возбужденных и расследованных управлениями ФСКН уголовных дел по незаконному обороту наркотических средств, при непосредственном давлении правоприменительной практики наркоконтроля суд выносил обвинительные приговора. Доводы адвокатов, а также подсудимых суд опровергал показаниями заинтересованных в исходе дела сотрудников наркоконтроля и подконтрольных им понятых и лиц, выступающих в качестве закупщиков и осведомителей.